يتولى الرئيس الاختصاصات والمهمات الآتية:
1 - الإشراف على سير العمل في الهيئة من خلال اللوائح والخطط والبرامج المعتمدة.
2 - اقتراح السياسات العامة للهيئة، المتعلقة بأنشطتها، والخطط والبرامج اللازمة لتنفيذ ذلك، ورفعها إلى المجلس.
3 - اقتراح الخطط لتطوير نشاط النقل العام في المملكة.
4 - إعداد مشروع الميزانية السنوية للهيئة ومشروع حسابها الختامي، ورفعهما إلى المجلس.
5 - تمثيل الهيئة لدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الأخرى ذات العلاقة وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها.
6 - اقتراح اللوائح اللازمة لتسيير العمل في الهيئة، واعتماد إجراءات العمل المبنية على اللوائح والقرارات الصادرة عن المجلس.
7 - الصرف من الميزانية المعتمدة، واتخاذ جميع الإجراءات المالية وفقا للأنظمة واللوائح المقرة والصلاحيات المفوضة له من المجلس.
8 - إعداد التقارير الخاصة بتنفيذ خطط الهيئة وبرامجها، ودراستها، وعرضها على المجلس.
9 - التعاقد على تنفيذ الأعمال والخدمات وغيرها وفقا للأنظمة والصلاحيات المخولة له.
10 - إعداد التقرير السنوي عن نشاط الهيئة والعقبات التي واجهتها واقتراح الحلول المناسبة لها، وتقديمه إلى المجلس للنظر فيه ورفعه إلى الجهات المختصة بعد اعتماده من المجلس.
11 - التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود بعد موافقة المجلس.
12 - تنظيم مشاركة الهيئة في المؤتمرات والفعاليات والمهرجانات الإقليمية والدولية.
13 - إصدار القرارات اللازمة لتنفيذ أحكام التنظيم واللوائح الصادرة بناء عليه والقواعد والإجراءات المعتمدة، بحسب الصلاحيات المخولة له.
14 - تعيين العاملين في الهيئة طبقا للوائح، والإشراف عليهم.
15 - إقرار الخطط والبرامج اللازمة لتدريب وابتعاث وإيفاد منسوبي الهيئة في جميع مجالات عملها، ومتابعة تنفيذها.
16 - مباشرة ما تخوله إياه قرارات المجلس واللوائح الخاصة بالهيئة من اختصاصات.
وللرئيس أن يفوض بعض اختصاصاته إلى من يراه من منسوبي الهيئة.