مجلس الإدارة هو السلطة العليا المهيمنة على شئون المؤسسة وتصريف أمورها، وله أن يتخذ كافة القرارات اللازمة لتحقيق أغراضها وأهدافها، وذلك كله في حدود أحكام هذا النظام. وللمجلس على وجه الخصوص:
1 - وضع مشروع بالسياسة العامة التي يسير عليها في تشغيل وإنشاء الموانئ وتطويرها، ويتم بعد إقراره من مجلس الوزراء العمل بموجبه.
2 - إصدار القرارات واللوائح الداخلية، والقرارات المتعلقة بالشؤون الإدارية والفنية للموانئ.…