يكون للهيئة محافظ بمرتبة (وزير)، وهو المسؤول عن إدارة شؤون الهيئة، وتتركز مسؤولياته في حدود التنظيم وما يقرره المجلس، ويتولى - بوجه خاص - الاختصاصات الآتية:
1- الإشراف على إعداد السياسات العامة للهيئة وخططها وبرامجها، ومتابعة تنفيذها بعد إقرارها.
2- الإشراف على سير العمل في الهيئة من خلال اللوائح والخطط والبرامج المعتمدة.
3- الإشراف على إعداد اللوائح الإدارية والمالية والداخلية والفنية التي تسير عليها الهيئة؛ تمهيدا لرفعها إلى المجلس لإقرارها.
4- اقتراح الهيكل التنظيمي للهيئة، ورفعه إلى المجلس لإقراره.
5- الإشراف على إعداد تقرير الهيئة السنوي ومشروع ميزانيتها وحسابها الختامي؛ لعرضها على المجلس للموافقة عليها؛ تمهيدا لاستكمال الإجراءات النظامية اللازمة في شأنها.
6- الإشراف على إعداد التقارير الدورية عن سير العمل في الهيئة، وعرضها على المجلس؛ للنظر فيها.
7- التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات بعد موافقة المجلس، واستكمال الإجراءات النظامية اللازمة في شأنها.
8- تمثيل الهيئة أمام القضاء، ولدى الجهات الحكومية والهيئات والمؤسسات الأخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره بذلك.
9- اعتماد الصرف من ميزانية الهيئة، واتخاذ جميع الإجراءات المالية وفقا للأنظمة واللوائح المقرة، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس.
10- التعاقد مع الغير وفق ما يقتضيه سير العمل في الهيئة، وفقا للأنظمة والصلاحيات التي فوضه بها المجلس.
11- إصدار القرارات اللازمة لتنفيذ الأحكام الواردة في التنظيم واللوائح الصادرة بناء عليه، بحسب الصلاحيات المخولة له.
12- تعيين منسوبي الهيئة وفقا للوائح المنظمة لذلك، والإشراف عليهم.
13- أي اختصاص آخر يسنده إليه المجلس.
وللمحافظ تفويض بعض اختصاصاته إلى من يراه من منسوبي الهيئة.