يكون للصندوق رئيس تنفيذي، ونواب يعينون ويعفون بقرار من المجلس، ويحدد القرار أجورهم ومزاياهم المالية الأخرى، ويعد الرئيس التنفيذي المسؤول عن إدارة شؤون الصندوق، وتتركز مسؤولياته في حدود ما ينص عليه التنظيم وما يقره المجلس، ويتولى الرئيس التنفيذي -بشكل خاص- الاختصاصات الآتية:
1 اقتراح السياسات المتعلقة بنشاط الصندوق، والخطط والبرامج والمشاريع الكفيلة بالارتقاء بخدمات تحفيز وتمويل قطاعي البيئة والأرصاد وتحقيق الاستدامة المالية، ورفعها إلى المجلس.
2 اقتراح الإسهام الخاص بتمويل كل مركز من المراكز الوطنية لقطاعي البيئة والأرصاد بناء على الأولويات الوطنية التي تقرها الوزارة وما يرفعه الرئيس التنفيذي لكل…