يعين مدير عام للمركز -بقرار من المجلس- ويحدد القرار أجره ومزاياه المالية الأخرى، ويكون المسؤول التنفيذي عن إدارة المركز، وتتركز مسؤولياته في حدود ما ينص عليه التنظيم، وما يقرره المجلس، ويمارس الاختصاصات الآتية:
1- اقتراح خطط المركز وبرامجه، والإشراف على تنفيذها بعد موافقة المجلس.
2- اقتراح اللوائح اللازمة لتسيير العمل في المركز، وتحديد إجراءات العمل المبنية على السياسات واللوائح والقرارات الصادرة من المجلس.
3- اقتراح معايير الجودة في مجال التعليم الإلكتروني وضوابطها، تمهيدا لعرضها على المجلس.
4- اقتراح ضوابط الترخيص والتأهيل لبرامج التعليم الإلكتروني؛ تمهيدا لعرضها على المجلس.
5- اقتراح هيكل المركز التنظيمي، ولوائحه المالية والإدارية، وعرضها على المجلس, والإشراف على تنفيذها بعد إقرارها.
6- الإشراف على إعداد تقرير المركز السنوي ومشروع ميزانيته وحسابه الختامي؛ تمهيدا لعرضها على المجلس.
7- الصرف من ميزانية المركز، واتخاذ جميع الإجراءات المالية، وفقا للأنظمة واللوائح، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس.
8- تقديم تقارير دورية إلى المجلس عن أعمال المركز ومنجزاته ونشاطاته.
9- تعيين منسوبي المركز وفقا للوائح المنظمة لذلك, والإشراف عليهم طبقا للصلاحيات الممنوحة له وما تحدده لوائح المركز.
10- متابعة تنفيذ قرارات المجلس.
11- اقتراح سياسة الاستثمار المالي للمركز؛ تمهيدا لعرضها على المجلس.
12- التوقيع على الاتفاقيات والعقود بعد موافقة المجلس, ووفقا للإجراءات النظامية المتبعة.
13- تمثيل المركز أمام القضاء، ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الأخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها.
ولمدير المركز تفويض بعض اختصاصاته إلى من يراه من منسوبي المركز.