يكون للمركز رئيس تنفيذي، يعين ويعفى بقرار من المجلس، ويعد المسؤول عن إدارة شؤون المركز وتسيير أعماله، وتتركز مسؤولياته في حدود التنظيم وما يقرره المجلس، ويتولى الاختصاصات الآتية:
1- إعداد السياسات والخطط والبرامج والمشاريع ذات الصلة بمجالات اختصاصات المركز، ورفعها إلى المجلس؛ للنظر في إقرارها.
2- اقتراح الهيكل والدليل التنظيمي للمركز، ورفعهما إلى المجلس؛ للنظر في إقرارهما.
3- اقتراح اللوائح المالية والإدارية التي يسير عليها المركز وغيرها من اللوائح الداخلية والفنية اللازمة لتسيير شؤونه، ورفعها إلى المجلس؛ للنظر في إقرارها.
4- اقتراح إنشاء فروع أو مكاتب للمركز، والرفع عن ذلك للمجلس.
5- الإشراف على إعداد مشروع ميزانية المركز، وحسابه الختامي، وتقريره السنوي؛ تمهيدا لعرضها على المجلس.
6- اقتراح المقابل المالي لما يقدمه المركز من أعمال وخدمات، والرفع عن ذلك للمجلس.
7- تعيين العاملين في المركز والإشراف عليهم، وفقا للوائح المركز.
8- متابعة تنفيذ لوائح المركز والقرارات التي يصدرها المجلس.
9- الإشراف على سير العمل في المركز، ورفع تقارير دورية إلى المجلس عن أعمال المركز وخططه وبرامجه ومنجزاته.
10- الصرف من ميزانية المركز، واتخاذ جميع الإجراءات المالية، وفقا للأنظمة واللوائح المقرة، وفي حدود الصلاحيات التي يفوضه بها المجلس.
11- التوقيع على الاتفاقيات ومذكرات التفاهم والعقود بعد موافقة المجلس، ووفقا للإجراءات النظامية المتبعة.
12- الاستعانة بالخبراء والمستشارين؛ وفقا لاحتياجات المركز وبحسب ما تحدده لوائحه.
13- تمثيل المركز أمام الجهات القضائية، والجهات الحكومية، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره في ذلك.
14- أي مهمة أو صلاحية أخرى يسندها إليه المجلس.
وللرئيس التنفيذي تفويض بعض اختصاصاته إلى من يراه من منسوبي المركز.